De hoofdstructuur van de Stichting ziet er per 1 januari 2009 als volgt uit:
Raad van Toezicht
| Dhr. G. de Jongh | namens de Nederlandse Postduivenhouders Organisatie (NPO) |
| Dhr. Drs. W. Wilhelm | namens de Samenwerkende Aquarium en Terrarium Organisaties (SATO) |
| Mevr. C. Brandt | namens de Kattenorganisaties |
Bestuur:
| Voorzitter | Dhr. T. Ebben |
| Secretaris | Ir. Ed.J.Gubbels; info@huisdieren.nu |
| Penningmeester | mevr. A. de Kogel; penningmeester@huisdieren.nu |
| Leden: | |
| Voorzitter Werkgroep Honden | Dhr. A. Schmal |
| Voorzitter Werkgroep Katten | Dhr. A. van der Baars |
| Voorzitter Werkgroep Kleine Zoogdieren | Dhr. drs. A.P. van der Kolk; akolk@xs4all.nl |
| Voorzitter Werkgroep Reptielen en Amfibieën | Dhr. J. Boonstra; jan3.boonstra@planet.nl |
| Voorzitter Werkgroep Vissen en ongewervelden | vacant |
| Voorzitter Werkgroep Vogels | Dhr. drs. G. Theel |
Bureau
E-mail: info@huisdieren.nu
Adviseurs
| Miranda Fröling | Namens het Ministerie van Economische zaken, Landbouw en Innovatie |
| Dhr. Prof. Dr. F.J. van Sluijs | namens de Faculteit Diergeneeskunde |
| Dhr. Ing. T. Huisman | namens Van Hall Instituut, Larenstein |
| vacant | namens PTC dier |
| Dhr. J. de Jongh | namens Dibevo |
| Dhr. Drs. M. Verburgh | namens de Koninklijke Nederlandse Maatschappij voor Diergeneeskunde (KNMvD) |
Organisatieschema: