De hoofdstructuur van de Stichting ziet er per 1 januari 2009 als volgt uit:
Raad van Toezicht
| Dhr. J. Wauben | namens de Raad van Beheer op Kynologisch Gebied in Nederland |
| Dhr. A.C. Ebben | namens de Nederlandse Postduivenhouders Organisatie (NPO) |
| Dhr. Drs. W. Wilhelm | namens de Samenwerkende Aquarium en Terrarium Organisaties (SATO) |
| Mevr. C. Brandt | namens de Kattenorganisaties |
Bestuur:
| Voorzitter | Dhr. A. Doedee |
| Secretaris | Ir. Ed.J.Gubbels; info@huisdieren.nu |
| Penningmeester | mevr. J. Zwaan; penningmeester@huisdieren.nu |
| Leden: | |
| Voorzitter Werkgroep Honden | Dhr. A. Schmal; voorzitterhonden@huisdieren.nu |
| Voorzitter Werkgroep Katten | Mevr. E. v.d. Waa a.i. evelienvanderwaa@kpnplanet.n |
| Voorzitter Werkgroep Kleine Zoogdieren | Dhr. drs. A.P. van der Kolk; akolk@xs4all.nl |
| Voorzitter Werkgroep Reptielen en Amfibieën | Dhr. J. Boonstra; jan3.boonstra@planet.nl |
| Voorzitter Werkgroep Vissen en ongewervelden | vacant |
| Voorzitter Werkgroep Vogels | Ir. Ed.J.Gubbels a.i.; ed.j.gubbels@home.nl |
Bureau
E-mail: info@huisdieren.nu
Adviseurs
| Miranda Fröling | Namens het Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit |
| Dhr. Prof. Dr. F.J. van Sluijs | namens de Faculteit Diergeneeskunde |
| Dhr. Ing. T. Huisman | namens Van Hall Instituut, Larenstein |
| Dhr. Drs. E. Bethlehem | namens PTC+ |
| Dhr. J. de Jongh | namens Dibevo |
| Dhr. Drs. M. Verburgh | namens de Koninklijke Nederlandse Maatschappij voor Diergeneeskunde (KNMvD) |
Organisatieschema: